La caractéristique exceptionnelle de la réaction PCR est sa grande capacité d'amplification et sa sensibilité extrêmement élevée.Afin d'améliorer les performances de la PCR et l'efficacité de la détection, nous nous engageons à améliorer la capacité d'amplification de la PCR et la sensibilité de détection, mais le mal de tête est dans le processus de l'expérience.Des faux positifs se produisent souvent, et une très petite quantité de contamination croisée d'échantillons ou de contamination de produits de PCR peut provoquer des faux positifs dans l'expérience.
Cinq types de contamination des produits de PCR
Il existe de nombreuses raisons de contamination par PCR, qui peuvent être grossièrement divisées dans les catégories suivantes :
La contamination des échantillons est principalement causée par la contamination du récipient pour recueillir l'échantillon, ou lorsque l'échantillon est placé, il s'échappe du récipient en raison d'un joint lâche, ou l'échantillon adhère à l'extérieur du récipient, ce qui provoque une contamination croisée ;La contamination entraîne une contamination entre les échantillons ;certains échantillons microbiens, en particulier les virus, peuvent se propager avec des aérosols ou former des aérosols, entraînant une contamination mutuelle.
La raison principale est que lors de la préparation des réactifs PCR, le pistolet à échantillon, le récipient, l'eau bidistillée et d'autres solutions sont contaminés par la matrice d'acide nucléique PCR.
Dans les laboratoires de biologie moléculaire et certains laboratoires qui utilisent des plasmides clonés comme témoins positifs, le problème de la contamination des plasmides clonés est également courant.Parce que le contenu du plasmide de clonage dans le volume unitaire est assez élevé, et plus d'outils et de réactifs sont nécessaires dans le processus de purification, et le plasmide dans les cellules vivantes est très susceptible d'être contaminé en raison de la forte capacité de croissance et de reproduction des cellules vivantes.
La contamination des produits amplifiés est le problème de contamination le plus courant dans les réactions de PCR.Étant donné que la quantité de copies du produit PCR est importante (généralement 1013 copies/ml), ce qui est bien supérieur à la limite du nombre de copies de détection PCR, une très petite quantité de contamination du produit PCR peut provoquer des faux positifs.
La pollution par les aérosols est la forme de contamination la plus probable des produits de PCR, et c'est aussi la plus facile à négliger.Il est formé par le frottement entre la surface du liquide et l'air.Généralement, une contamination par aérosol peut se former lorsque le couvercle est ouvert, lorsque l'échantillon est aspiré ou même lorsque le tube de réaction est secoué vigoureusement.Selon les calculs, une particule d'aérosol peut contenir 48 000 copies, la pollution qu'elle provoque est donc un problème qui mérite une attention particulière.
En particulier, les laboratoires de test utilisent souvent la même paire d'amorces pour tester un certain gène.Au fil du temps, une grande quantité de contamination des produits de PCR se produira dans l'espace du laboratoire.Une fois qu'une telle contamination se produit, il est difficile de l'éliminer en peu de temps.
Pour les trois premiers types de pollution, on peut utiliser des moyens efficaces pour les éviter, mais la pollution causée par les produits PCR est difficile à prévenir, notamment dans la construction de laboratoires PCR non standards.Dans le processus PCR, lorsque la pointe de la pipette aspire et souffle le liquide et que le couvercle du tube PCR est ouvert, un aérosol se forme.Les molécules d'ADN transportées par l'aérosol (un aérosol peut transporter des dizaines de milliers d'ADN) sont difficiles à éliminer car elles flottent dans l'air.Une fois la prochaine série d'expériences PCR introduite, des faux positifs se produiront inévitablement.
Comme le montre la figure ci-dessous, le contrôle négatif a également amplifié la bande d'intérêt correspondante :
La première partie de ce numéro de PCR pollution et prévention est présentée ici.Le prochain numéro vous apportera la deuxième partie "Prévention de la contamination des produits de PCR", alors restez connectés !
Heure de publication : 25 juillet 2017
